​Das 3543 Hektar große FFH-Gebiet erstreckt sich über die Gemeinden Bonndorf (24 Prozent), Wutach (24 Prozent), Blumberg (8 Prozent), Hüfingen (10 Prozent), Bräunlingen (3 Prozent), Löffingen (26 Prozent ), Friedenweiler (1 Prozent und Lendskirch (5 Prozent ) und verteilt sich somit über die drei Landkreise Breisgau-Hochschwarzwald, Waldshut und Schwarzwald-Baar-Kreis.

Es ist zu 78 Prozent von Wald bedeckt und beinhaltet die beiden Naturschutzgebiete „Wutachschlucht“ und „Vogtsberg“.

Besonders prägend sind neben der schnellfließenden Wutach, die als wichtiges Refugium für Bachneunaugen und Groppen dient, die landesweit einmaligen Schluchtwälder, die sich über den gesamten Verlauf der Schlucht erstrecken. Sie bieten zusammen mit den in den Hochlagen vorhandenen Buchenwäldern mehreren seltenen Fledermausarten wie der Bechstein- und der Mopsfledermaus ein Zuhause. Ergänzt wird dieser Lebensraum durch die Vielzahl an vorhandenen Höhlen und Spalten im Gestein, in denen die Fledermäuse die kalte Jahreszeit überdauern. Die Hochflächen werden vor allem von Flachland- und Berg-Mähwiesen dominiert, die einem breiten Spektrum an bedrohten Pflanzenarten Platz zum Wachsen geben. Artentechnisch hervorzuheben ist der Frauenschuh, eine seltene Orchideenart, die man vereinzelt in den Buchenwäldern finden kann. Auch der Luchs jagt hin und wieder in der Schlucht, da diese einen wichtigen Wanderkorridor für die Art darstellt.